Неплюев образовал Старший братский кружок, а вслед за ним и Младший братский кружок: старшие сделались ближайшими помощниками Неплюева по воспитанию младших, воспитываясь при этом и сами. Постепенно школа становилась одной дружной семьёй, быстро ассимилируя вновь поступающих. Окончив обучение, воспитанник мог попросить о вступлении в братство или уйти. Так, за период с 1889 по 1894 г. было пять выпусков. Всего было выпущено 47 человек, из них 32 вступило в Братство, а 15 ушли. Неплюев отмечал, что учащиеся «настолько дорастают до … потребности единения в братолюбии, насколько возросла любовь к Богу и к ближним».
В мужскую пятилетнюю начальную школу принимали мальчиков с 13 лет, от которых требовали начальную грамотность. Детям преподавали сельскохозяйственные науки, а также русский язык, литературу, историю, физику, химию, биологию и другие предметы. Кроме многочисленных сельскохозяйственных дисциплин, в школе в рамках Закона Божия преподавали катехизис, литургику, Новый Завет. В школе родилась уникальная система воспитания, которая включала в себя элементы катехизации, участие в молитве и таинствах, а также учила жизни вместе. Старшие школьники опекали младших, помогая им стать на путь христианства.