Преосвященный Макарий, епископ Калужский и Боровский, пожелавший быть почётным членом Крестовоздвиженского трудового братства, в 1900 году посещал Воздвиженск, в письмах поддерживал желание Братства трудиться в христианском духе и отношениях на началах братолюбия. Он многократно присылал Братству своё архипастырское благословение, свой портрет и даже стихи-посвящение:
Когда б таких семей духовных
Побольше стало на земле
Во градах и селеньях скромных,
Престал бы мир лежать во зле.
Первенствующий член Святейшего Синода митрополит Санкт-Петербургский Палладий (Раев) благословил Николая Николаевича на открытие Трудового братства иконой святого Алексия, которая находилась впоследствии в братской церкви.
Преосвященный Сергий (Соколов), епископ Черниговский и Нежинский, вместе с настоятелем Кафедрального собора Чернигова неоднократно приезжал в Воздвиженск в Трудовое братство. В 1891 году он ходатайствовал «об утверждении Н. Н. Неплюева в звании почётного попечителя церковно-приходских школ Глуховского уезда и о награждении матери его А. Н. Неплюевой и сестры О. Н. Неплюевой Библиями от Святейшего Синода». В 1893 году через несколько месяцев после посещения Братства епископ Сергий отошёл ко Господу, успев до этого оставить на страницах «Епархиальных ведомостей» слова о том, что был «умилён и восхищён общим духом школ наших». Он грамотой благословил Неплюева облачаться в стихарь и произносить проповеди с церковной кафедры. А на подаренном Неплюеву экземпляре своего сочинения написал слова: «Просвещённому Избраннику Божию, воссоздателю народа, семени святу стояния мира русского Православия». Епископ Сергий с большим одобрением принял саму идею братского общежития.
Почётным членом Крестовоздвиженского братства желал быть епископ Пермский Пётр (Лосев), передавая Братству своё благословение и икону через друга Братства — священника Евграфа Плетнева, будущего священномученика.
Недоброжелатели обвиняли Крестовоздвиженское братство в нецерковности, а Неплюева — в гордости, в том, что он, якобы, взял на себя роль «исправителя церкви». Среди критиков было высшее церковное начальство, включая обер-прокурора Синода Константина Победоносцева, митрополита Санкт-Петербургского Антония (Вадковского), епископа Черниговского Антония (Соколова), публициста Михаила Меньшикова, ряда видных священников.
Ещё до рождения Крестовоздвиженского братства Н. Неплюева критиковали после выхода его публикации «Историческое призвание русского помещика», которое, по мнению Неплюева, заключалось в том чтобы взять на себя труд просвещения. Критики заявляли, что для богатого и образованного человека нет стимулов поступать по его примеру и что Неплюев берётся не за своё дело.
Иоанн Кронштадтский, встретившись с Неплюевым в начале 1900 года, утешал его: «Пошёл за Христом, нельзя, чтобы не гнали, не злословили, не ненавидели за имя Его. Радуйся тому. Это доказательство, что ты служишь делу Божию, а не делаешь дело человеческое».
Некоторые иерархи не только не поддерживали, но прямо выступали против Братства, несмотря на то, что согласно уставу Братства, высочайше утверждённому императором Александром III, должны были оказывать ему своё покровительство. Следующий Черниговский епископ после Сергия (Соколова) — Антоний (Соколов), несмотря на отправленное в 1895 году приглашение, на торжественную церемонию открытия Братства не приехал и не прислал ни одного представителя епархии. В 1902 году он написал в донесении Синоду: «Хотя братство по уставу и находится под покровительством Черниговского преосвященного, но с первых пор своего существования оно действует совершенно самостоятельно: устраивает внутренний строй своей жизни, не испрашивая на то согласия преосвященного как покровителя братства». Епископ Антоний лишь однажды посетил Братство, быстро осмотрел братскую школу и уехал. Впоследствии его отношение к Крестовоздвиженскому трудовому братству стало более резким, вероятно, в связи с активной деятельностью Неплюева по созданию Всероссийского братства.
Те, кто не понимал и не принимал дело братства обвиняли Крестовоздвиженское братство в нецерковности, а Неплюева – в гордости и в том, что он, якобы, взял на себя роль «исправителя церкви». На последнее обвинение Неплюев отвечал: «Как бы я лично ни был горд, сознательно говорю, никогда гордость моя не ослепляла меня до безумного желания быть, как то говорят враги мои, «исправителем церкви», сознавая, что Церковь всегда была, есть и будет свята и непорочна. Исправлять нашу жизнь на лоне церкви, братски призывать моих братьев мирян быть верными заветам Главы Церкви и честно осуществлять в жизни церковную правду братства, я считаю долгом веры, любви и совести, моей обязанностью перед Богом, Церковью и людьми».
Неприязненно относился к братству митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Антоний (Вадковский), первенствующий член Святейшего Синода. Он считал, что Крестовоздвиженское братство лучше называть «обществом», а не братством. На прошение братства об утверждении нескольких особо составленных молитв при приёме в члены трудового братства, владыка ответил категорическим отказом.
Не складывались отношения братства и с правящим архиереем, епископом Черниговским Антонием (Соколовым). Богословские взгляды Неплюева и устроение духовной жизни Крестовоздвиженского братства казались ему нецерковными: «Неплюев на первых порах своей деятельности позволял себе иногда грубо и дерзко отзываться, например, о постах, праздниках, не допускал хвалебных пений (акафистов) в честь Богородицы в храме, выражался по-протестантски об учении: «Пресвятая Богородица, спаси нас». В 1907 году, после выхода в свет «Проекта устава Всероссийского братства», предлагаемого Неплюевым, еп. Антоний высказался крайне резко: Неплюев признает себя «каким-то особым избранником Божиим, способным на своих началах переустроить и устроить всё в России; … своё братство выставляет чуть ли не единственным светочем в мире, способным просветить и устроить всех и вся».
Недоброжелательное отношение к Крестовоздвиженскому братству очень огорчало Неплюева. В его письме черниговскому губернатору Евгению Константиновичу Андреевскому звучат горькие слова: «Органически связать это дело с церковью православной я считал и считаю необходимым на пользу церкви; к сожалению, с каждым годом я все более и более убеждаюсь, что именно от представителей духовного ведомства, которые, казалось бы, должны бы были относиться к нему с наибольшим сочувствием и благодарностью, грозит этому дорогому делу всей моей жизни наибольшая опасность».
В целом, Неплюев не считал нужным вступать в полемику с людьми, «которые не ищут истины, а совершенно определённые цели преследуют». Он считал, что «возражать на всевозможные обвинения, на нас и дело наше возводимые, значит сойти с пути мирного созидания на путь борьбы, с пути исповедания правды на путь препирательства с совопросниками века сего. Иногда я делал это, думая, что обвинения порождены недоразумением, но всегда убеждался, что это не так. … Всего лучше идти своей дорогой и делать своё дело, предоставляя времени и фактам жизни опровергнуть обвинения и подозрения».