Вначале Н. Неплюев надеялся, что священника можно будет вырастить внутри братства. Готовился к принятию священного сана Илья Кобец, один из трёх выпускников, составивших первую общину братства в 1889 г., но вскоре после основания братства он скончался. В дальнейшем братство приглашало к себе выпускников духовных семинарий.

В 1893 г. в Воздвиженске был построен и освящён храм во имя Воздвижения Креста Господня. Первым его настоятелем в период с 1896 по 1898 год стал свящ. Сергий Четвериков. О. Сергий был направлен в Крестовоздвиженское братство по окончании Московской Духовной академии её ректором архим. Антонием (Храповицким). Пребывание о. Сергия в братстве продлилось недолго: как он писал в 1946 году, между ним и братчиками «по некоторым вопросам произошло расхождение» и он «предпочёл уйти в обычный церковный приход». Неплюев написал о причинах расхождения с о. Сергием: «Он постоянно ставил в необходимость выбирать между потерей любви, уважения и доверия к нему или к блюстителю братства». Тем не менее, в конце своей жизни прот. Сергий Четвериков с благодарностью вспоминал о Н. Неплюеве. После ухода о. Сергия в Крестовоздвиженском храме сменилось не менее четырёх настоятелей.

Некоторое время настоятелем Крестовоздвиженского храма был свящ. Роман Медведь. Отношения с ним в братстве также не сложились. Отец Роман прожил в Воздвиженске год и, уезжая, направил донесение в Синод, в котором писал об отрицательном отношении к себе со стороны братчиков. В опубликованном в 1902 году «Частном ответном письме Н. Н. Неплюева на письмо священника Иванова» Неплюев предложил своё объяснение происшедшего, из которого можно сделать вывод о том, что о. Роман был недоволен духовным лидерством Неплюева, т.к. сам претендовал на него.

Основной причиной трудностей во взаимоотношениях с братскими священниками было уникальное положение Неплюева, который был не просто главой братства, но его фактическим духовным наставником, не будучи облечённым в священный сан. Молодым священникам, которые назначались в братство, едва окончив семинарию, и ещё не имевшим глубокого церковного опыта, было трудно понять и принять такое положение дел, т.к. во всех приходах нормой считалось духовное руководство священника. Кроме того, сама идея трудового христианского братства могла казаться сомнительной, особенно в свете обвинений в сектантстве и неправославности. Для того, чтобы заслужить любовь и духовный авторитет в братстве, священник должен был найти своё место в нём.

Проблема священника в братстве разрешилась с приходом о. Александра Секундова. Точная дата его назначения неизвестна, это произошло около 1903–1904 года. О. Александр обрёл своё место в братстве, не претендуя на духовное лидерство и приняв идею братского устроения церковной жизни. О. Александр стал полноправным членом братства и вошёл в состав братской Думы.

Стремление братства к осмысленной жизни по вере находило своё выражение в ежедневной молитвенной жизни общин, в общебратских беседах, специальных молитвенных собраниях. К богослужению в братстве относились как к «празднику живой любви». На клиросе пел братский хор. В хорошую погоду богослужения совершались не в храме, а на природе, под открытым небом. М. М. Тареев вспоминал о такой службе: «С совершенною ясностью стало понятным, что вечерняя служба особенно уместна под открытым небом, так как её содержание имеет ближайшее отношение к природе».

В центре храма стоял аналой с часословом и богослужебными сборниками. Это было сделано, чтобы отдельные молитвы богослужения – каноны, шестопсалмие и пр. – могли читать сами прихожане; желающих всегда было много. Отец Александр в своём храме частично использовал русский язык в богослужении, прежде всего, это касалось богослужебного чтения Священного Писания. Этот опыт позднее был засвидетельствован братским священником о. Александром Секундовым на Поместном Соборе Православной Российской Церкви 1917–1918 годах.